L'Associazione FAES è sorta a Milano nel 1974 su iniziativa di un gruppo di genitori e insegnanti,con l'intento di promuovere la collaborazione educativa tra famiglia e scuola, sulla base diconsolidate esperienze internazionali. Negli anni questa esperienza si è gradualmente estesa a tutti i livelli scolastici, dal nido al liceo, e si è diffusa in altre città italiane, dove Enti gestori autonomi hanno istituito Centri scolastici - abitualmente chiamati "scuole FAES" - che adottano questo Sistema educativo.

Il FAES è membro fin dalle origini del Forum delle Associazioni Familiari e, in ambitointernazionale, dell' IFFD ( International Federation for Family Development) e dell' OIDEL( Organisation Internationale pour le Droit à l’Éducation et la Liberté d’Enseignement, con sede a Ginevra). Inoltre è membro fondatore dell' EPA ( European Parents Association), riconosciuta comepartner dall'Unione Europea. A fondamento del suo Sistema educativo nel 1977 il FAES ha approvato una "Carta dei principi" acui anche la presente "Carta d'identità" fa riferimento.